Taller CDSB: Construyendo flujos de trabajo con RStudio y Bioconductor para datos transcriptómicos de single cell (RNA-seq)

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Datos generales

Código: CDSB-WORKFLOWS
Duración: 40 horas
Nivel: intermedio-avanzado
Idioma: español
Fecha: del 3 al 7 de agosto de 2020
Horario: lunes a jueves 9:00 -17:30, viernes 9:00-14:30
Modalidad: Online

Información completa y actualizada en: https://comunidadbioinfo.github.io/es/post/cdsb2020-building-workflows-with-rstudio-and-scrnaseq-with-bioconductor/

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Pre-requisitos:

Requisitos de conocimientos previos

  • Los participantes deberán tener conocimientos básicos del lenguaje de programación R: asignación de variables, lectura de archivos: read.csv; estructuras de datos: matrix, data.frame, list; tipos de datos: character, numeric, factor, logical, etc; instalación y uso de paquetes.
  • Saber instalar paquetes de R.
  • Saber usar RStudio.
  • Estar interesado en aprender buenas prácticas para organizar tu trabajo y comenzar a compartir tu código con otras personas.
  • Estar interesado en aprender cómo analizar datos usando paquetes de R/Bioconductor.

Requisitos técnicos

  • Computadora Personal. Un mínimo de 8 GB de RAM, un ratón y espacio de disco suficiente para archivos de texto y archivos de imagen. Privilegios de administrador para instalar y ejecutar utilidades de RStudio.
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Contenido

Día 1

  • Inauguración EBM2020
  • Bienvenida a la CDSB
  • Introducciones de los participantes
  • Flujo de trabajo orientado a proyectos:
    • Introducción al flujo de trabajo orientado a proyectos.
    • Trabajando con proyectos versus scripts.
    • Generación de un proyecto.
    • Paths seguros.
    • ¿Qué nombre le doy a mi archivo?

Día 2

  • Uso de Git y GitHub.
  • Introducción al flujo de trabajo orientado a proyectos.
  • Escritura y documentación de funciones.
  • Debugging

Día 3

  • Buenas prácticas de configuración y mantenimiento de espacios de trabajo.
  • Foto / video remoto.
  • Instalación de paqueterías desde código fuente.
  • Visión general del procesamiento de datos de scRNA-seq.
  • Actividades para construir la comunidad.
  • Presentación del material para scRNA-seq.

Día 4

  • Introducción a scRNA-seq.
  • Introducción a scRNA-seq con Bioconductor.
  • Estructura e importe de datos.
  • Control de calidad.
  • Normalización de datos.

Día 5

  • Selección de genes.
  • Reducción de dimensiones.
  • Clustering y detección de genes diferencialmente expresados.
  • spatialLIBD: análisis de datos de la plataforma Visium de 10x Genomics.
  • Evaluación del taller.
  • Clausura y recordatorio de la CDSB.

Formato del curso Online

Este es un curso digital, equivalente a 40 horas, aproximadamente, de capacitación en el aula. Las sesiones y material del curso serán presentados en línea. Esta modalidad incluirá grabaciones de video o audio del material, intercambio de archivos y sesiones de discusión temáticos, ejercicios de auto-evaluación y acceso a los instructores para comentarios durante el curso.

Profesores

Marcel Ramos Perez, MPH

Bioconductor Core Team Member
Roswell Park Comprehensive Cancer Center
CUNY School of Public Health

Leonardo Collado-Torres, PhD

Staff Scientist II,
Lieber Institute for Brain Development

Alejandra Medina Rivera, PhD

Investigator
International Laboratory for Human Genome Research – UNAM

Joselyn Chávez, Ph.D. Candidate

Ph.D. Candidate
Institute of Biotechnology – UNAM

María Teresa Ortiz, MA

Data Scientist | Lecturer
CONABIO
ITAM

Alejandro Reyes, PhD

Genomic Data Scientist / Postdoc
Novartis, Basel, Switzerland